Pirminė pastato paskirtis - Marijampolės karinės įgulos Šv. Nikolajaus stačiatikių cerkvė. Pradėta statyti 1888 m[1]. Pagrindiniai darbai baigti 1896 m., cerkvė pašventinta 1901 m.[2], pastato interjeras įrengtas iki 1904 m. 1924 m. cerkvė atiduota Marijonų vienuoliams. 1940 m. įsteigta parapija. Po Antrojo pasaulinio karo pastatas naudotas kaip sandėlis. 1966 m. jis perduotas archyvui, pertvarkytas jo poreikiams. 1989 m. bažnyčia gražinta katalikams. Tada pastatas rekonstruotas (architektas Valentinas Medelis). Presbiterijos šone sumūryta zakristija, panaikinti keturi bokšteliai su svogūninėmis viršūnėmis, paliktas tik vienas transepto bokštas, po presbiterija išmūrytas rūsys, stogai uždengti vario skarda, įrengtas naujas interjeras[3].

Bažnyčia stovi prie Vytauto gatvės, senojo plento į Suvalkus ir Varšuvą[4], pagrindiniu fasadu atgręžta į gatvę. Bažnyčia vienbokštė, vienanavė, halinė. Pastatas plytų stiliaus, sienos raudonų ir geltonų plytų, fasadai netinkuoti. Fasaduose yra neoromaninei architektūrai būdingų formų ir orderinių elementų, plytų dekoro detalių. Dominuoja dviejų tarpsnių bokštas – varpinė, užbaigta aukšta smaile. Fasadų kampus žymi mentės su įdubomis, portale dominuoja arkos. Transeptą užbaigia bokštelis su kupolu. Sienas supa stambus arkatūrinis frizas.

Interjere vyrauja aukštesnė transepto erdvė, atskirta pusapskritėmis arkomis. Presbiterija, koplyčios ir navos tęsinys už transepto kiek žemesni. Sienas viršuje juosia profiliuoti karnizai. Grindys marmuro plytelių, lubos kabančios, medinės. Priešais didįjį altorių – marmurinis stalas[5].

Pastatas atstovauja nedidelės karinės cerkvės tipui. Pastatytas pagal pavyzdinį karinės įgulos cerkvės projektą, patvirtintą Rusijos karinės vadovybės XX a. pradžioje[6].